Ο Μανώλης Χριστοφάκης είναι Καθηγητής Περιφερειακής (Οικονομικής) Ανάπτυξης και Πολιτικής στο Τμήμα Διοίκησης Επιχειρήσεων του Πανεπιστημίου Αιγαίου, ενώ από το 2004 έως το 2015 ήταν μέλος του Διδακτικού και Ερευνητικού Προσωπικού του Τμήματος Οικονομικής και Περιφερειακής Ανάπτυξης του Παντείου Πανεπιστημίου. Έχει επίσης πολυετή διδακτική εμπειρία σε μεταπτυχιακό επίπεδο σε διάφορα πανεπιστημιακά τμήματα.

Έχει δημοσιευμένο έργο σε διεθνή επιστημονικά περιοδικά με κριτές (όπως στα περιοδικά Transport Policy, Sustainable Development, Review of Urban and Regional Development Studies, Local Economy, Journal of Property Investment and Finance, European Transport Research Review κ.ά.), σε βιβλία, σε συλλογικούς επιστημονικούς τόμους και σε πρακτικά συνεδρίων, σε θέματα σχετικά με την Περιφερειακή και Τοπική Οικονομική Ανάπτυξη, τον Περιφερειακό Προγραμματισμό, την Πολιτική Μεταφορών, την Τουριστική Ανάπτυξη, τη Χωροθέτηση Επιχειρηματικών Δραστηριοτήτων, τις ΜΜΕ και την Τοπική Επιχειρηματικότητα, την Πολιτική για την Καινοτομία και τη Βιώσιμη Ανάπτυξη.

Το έργο του έχει λάβει σημαντικό αριθμό ετεροαναφορών από Έλληνες και ξένους επιστήμονες. Έχει συνεργασθεί με το Economic and Social Cohesion (E.SO.C.) Laboratory του European Institute της London School of Economics (L.S.E.) και είναι επιστημονικός συνεργάτης του Ερευνητικού Πανεπιστημιακού Ινστιτούτου Περιφερειακής Ανάπτυξης (Ι.Π.Α.) του Παντείου Πανεπιστημίου, με πλούσιο ερευνητικό και μελετητικό έργο στα προαναφερθέντα αντικείμενα.